La historia de Mojácar data desde antes del siglo III, esto se sabe gracias a los sitios arqueológicos que se han encontrado en la villa. Entre los siglos V a VIII se asentaron poblaciones playa concha del periodo Tardo Romano, ubicados exactamente en las Pilas y la Alcudia. Ya en el siglo XIII las tierras de Mojácar fueron entregadas a Diego Lopez de Haro por los Reyes católicos.

En 1787, Mojácar estaba considerada como la segunda ciudad en extensión del Reino de Granada pero las sequías de las tierras provocaron una emigración a otras partes de España y Europa. Al rededor de los años 1950 el artista Jesús de Perceval liga el símbolo del indalo con Mojácar, quedando este incorporado como símbolo de Almería por los artistas del Movimiento Indaliano. Desde el último tercio del siglo XX Mojácar se convierte en una población turística de la Costa de Almería.